PVMĮ 66 str. 2 dalis reikalauja, kad PVM mokėtojas tikslintų PVM atskaitą natūralios netekties nuostoliams, kurių suma viršija PMĮ 23 str. patvirtintas normas (1 proc. arba 3 proc. vieneto pajamų). Naujausia ES Teisingumo Teismo praktika verčia abejoti, ar šis Lietuvos PVM įstatyme įtvirtintas reguliavimas neprieštarauja PVM direktyvos nuostatoms. Anot ES Teisingumo teismo, PVM atskaitos tikslinimo prievolę reikia taikyti tik nepateisinimo turto dingimo atvejais, kad šalia ekonominių nuostolių neatsirastų dar ir mokestinių nuostolių, įrodžius, kad daiktas sunaikintas, prarastas ar pavogtas. Iš PVM direktyvos 185 str. (kuris draudžia valstybei narei reikalauti tikslinti atskaitą prekių sunaikinimo, prekių praradimo atveju) darytina išvada, kad Lietuva PVMĮ 66 str. 2 d. įtvirtintu reguliavimu nepagrįstai reikalauja viršnorminiams natūralios netekties nuostoliams tikslinti PVM atskaitą.