Mikroįmonėms mokamos subsidijos (grąžintas GPM), kurios apskaitoje pripažįstamos pajamomis, yra įtraukiamos į apmokestinamąsias pajamas. Pelno nesiekiančios įmonės šių sumų neapmokestina. Prastovų subsidijos pajamoms nepriskiriamos, jos mažina darbo užmokesčio sąnaudas – leidžiamus atskaitymus. Taip pat pripažįstamos ir subsidijos nuomos mokesčiui kompensuoti. Prekių ir paslaugų, už kurias mokama iš gautų subsidijų, PVM atskaitomas bendra PVMĮ nustatyta tvarka. Gautos subsidijos įtraukiamos skaičiuojant mišrios veiklos proporciją.