Įmonė (PVM mokėtoja) įsigijo NT, kurio pirkimo PVM atskaitė. Įsigytą NT įmonė planavo rekonstruoti ir perstatyti į veiklai vykdyti reikalingas sandėliavimo patalpas. Praėjus keletui metų įmonė nepradėjo įsigyto NT pertvarkymo darbų. Veiklos nevykdanti įmonė pateikė prašymą išregistruoti ją iš PVM mokėtojų. VMI patenkinus prašymą, įmonė patikslino NT pirkimo PVM atskaitą. Po kelių metų įmonė nusprendė atnaujinti įsigyto NT rekonstravimą ir vystymą. Įmonė pakartotinai įsiregistravo PVM mokėtoja, patikslino PVM deklaracijas ir įtraukė į PVM atskaitą tą NT pirkimo PVM sumą, kurią tikslino išregistruojant ją iš PVM mokėtojų. VMI nesutiko su tokia PVM atskaita. Tarp įmonės ir VMI kilo ginčas.